המרכז הרב-תחומי לחקר המוח באוניברסיטת בר-אילן משתף פעולה עם אוניברסיטאות בחו"ל וקיימים בו מספר מסלולים בינלאומיים להלן שתופי פעולה של המרכז עם מוסדות אקדמיים מובילים בעולם: * תוכנית בינלאומית למוסמך NeuroData במסגרת Erasmus Mundus Joint Masters * תוכנית בינלאומית למוסמך במדעי המוח במגמת מדעי הנתונים בשיתוף עם אוניברסיטת ליסבון * תוכנית בינלאומית למוסמך במדעי המוח ומדעי הנתונים בשיתןף עם אוניברסיטת פדובה איטליה * תוכנית בינלאומית למוסמך במדעי המוח ומדעי הנתונים בשיתוף עם University of Jyväskylä, פינלנד * תוכנית בינלאומית למוסמך במדעי המוח ומדעי הנתונים בשיתןף עם Vrije Universiteit, אמסטרדם * התוכנית לחילופי סטודנטים - תואר ראשון